本校依據私立學校法訂有輔仁大學內部控制制度實施辦法及輔仁大學內部控制委員會設置辦法，並於2016、2017年分別制定輔仁大學內部控制制度作業流程設計原則及輔仁大學內部稽核實施辦法。
透本校透過推動內部控制及內部稽核制度，公開宣示遵循國家法令規章，並進行達到反貪腐、反賄賂及反犯罪之政策。