本校圖書館建置豐富多元館藏資料，營造國際化圖書資訊服務環境。校內有濟時樓圖書總館、公博樓圖書分館和國璽樓圖書分館三個圖書館，除支援本校師生教學、研究及學術專業發展外，均於開放時間免費提供一般民眾憑證件換取本館【臨時閱覽證】後，可刷卡入館閱讀書報等出版物；校友可憑校友證入館閱讀館藏資料，如需借閱，可辦理【借閱證】始得借閱館藏書籍。

1. 濟時樓圖書總館館舍總面積約3500坪，閱覽席位1062席、全館無線網路(SSID FJU)、學習共享空間與檢索查詢之電腦設備92組、研究小間28間、團體討論室7間。二樓為圖書館入口、借閱櫃台、參考服務區、資訊檢索區、指定參考書區、新書展示區、學習共享空間、寫作中心及閱報區；三樓為現期期刊區、學位論文區及參考書區；四樓為期刊室（含合訂本報紙）；五至七樓為中西文書庫；八樓為辦公室。
   館藏特色以收藏社會科學、應用科學、自然科學及民生相關學科為主的書刊資料，涵蓋宗教、統計、經濟、法律、社會、企管、會計、資訊、物理、化學、生命科學、 數學、資訊工程、電子工程、服裝、餐旅管理、兒童與家庭、教育、體育、食品營養等學科，另收錄本校學位論文及民國38年以來之重要報紙資料。


2. 公博樓圖書分館館舍總面積約2600餘坪，閱覽席位約716席，全館無線網路(SSID FJU)、學習共享空間與檢索查詢之電腦設備106組、團體討論室7間。一樓為圖書館入口、借閱櫃台、參考服務區、學習共享空間（含視聽資料區）；二樓閱報區、學習共享空間；三樓及舊書庫四樓前室為期刊區；四至七樓為西文書庫；舊書庫區一至四樓為中文圖書。
   館藏特色以收藏人文、藝術研究為主的相關學科書刊資料，主要學科有語言、文學、歷史、哲學、圖書館學、博物館學、景觀、設計、傳播學、心理學、藝術、音樂等。


3. 國璽樓圖書館分館館舍總面積約800坪，閱覽席位約446席，全館無線網路(SSID FJU)、檢索查詢之電腦設備20組、團體討論室 4間。三樓為圖書館入口、借閱櫃台、現期期刊區；四樓為書庫及裝訂期刊區；五樓為Fun學趣自學中心、醫學史展覽室及簡報室。三至四樓皆設有檢索用電腦及複印機。
   館藏特色以收藏醫學研究為主的相關學科書刊資料，主要學科有醫學、護理、公共衛生、心理治療、復健等。